A ligação entre Marcelo Crivella e a Igreja Universal do Reino de Deus é alvo frequente de críticas. Ele é sobrinho do bispo Edir Macedo.
Marcelo Crivella foi investigado pelo Grupo Especial de Repressão ao Crime Organizado, sob suspeita de ter enviado dinheiro ilegalme...nte a paraísos fiscais por meio das empresas Unimetro e Cremo, ligadas à Igreja Universal e Rede Record.
Foi investigado também em processo contra as empresas Investholding e Cableinvest, por supostos crimes contra o sistema financeiro.
Crivella é suspeito de agir como "laranja" da Igreja Universal, registrando em seu nome bens de propriedade da Igreja. Ele deixou de declarar à Justiça Eleitoral e à Receita a posse de duas emissoras de televisão, retransmissoras da TV Record, que é ligada à Igreja.
Em ação da Polícia Federal de 2007, Crivella teve seu nome associado a um desembargador envolvido com venda de sentenças e com a máfia dos bingos.
Em 2008, teve o nome envolvido no episódio em que militares comandados por um tenente capturaram três moradores do Morro da Providência para serem torturados e mortos por uma facção de traficantes rivais.
Crivella foi o senador que patrocinou a ida do Exército ao morro, para supervisionar obras do Projeto Cimento Social, de urbanização da favela, Posteriormente, a Justiça Eleitoral julgou que o Projeto Cimento Social tinha conteúdo eleitoreiro, beneficiando Crivella irregularmente, e embargou as obras.
Emergiu também, em 2009, uma suposta tentativa de praticar nepotismo cruzado envolvendo a filha de Crivella, Deborah Christine, e Renato Lobão, filho do senador Edison Lobão, através de atos secretos do Senado brasileiro.
