Milhares de sertanejos e ex-escravos partiram para Canudos, cidadela liderada pelo peregrino Antônio Conselheiro, unidos na crença numa salvação milagrosa que pouparia os humildes habitantes do sertão dos flagelos do clima e da exclusão econômica e social.
Os grandes fazendeiros da região, unindo-se à Igreja, iniciaram um forte grupo de pressão junto à República recém-instaurada, pedindo que fossem tomadas providências contra Antônio Conselheiro e seus seguidores.
Criaram-se rumores de que Canudos se armava para atacar cidades vizinhas e partir em direção à capital para depor o governo republicano e reinstalar a Monarquia.
Apesar de não haver nenhuma prova para estes rumores, o Exército foi mandado para Canudos.
Três expedições militares contra Canudos saíram derrotadas, o que apavorou a opinião pública, que acabou exigindo a destruição do arraial, dando legitimidade ao massacre de até vinte mil sertanejos.
Além disso, estima-se que cinco mil militares tenham morrido. A guerra terminou com a destruição total de Canudos, a degola de muitos prisioneiros de guerra, e o incêndio de todas as casas do arraial.